O Ministério da Educação define a residência médica como uma modalidade de ensino de pós-graduação destinada a médicos, sob a forma de curso de especialização. O Hospital do Subúrbio oferece, atualmente, cinco Programas de Residência Médica, credenciados pela Comissão Nacional de Residência Médica (CNRM) e pelo Ministério da Educação. As vagas são preenchidas por candidatos aprovados em seleção realizada pela Comissão Estadual de Residência Médica (CEREM/BA).
Os primeiros Programas de Residência do hospital foram implantados em 2014, abarcando as especialidades de Clínica Médica, Pediatria, Ortopedia e Cirurgia do Trauma. Em 2016, o HS aumentou a sua oferta de programas com a inclusão da Residência em Medicina Intensiva Pediátrica.
O HS também é campo prático para residentes de outras unidades hospitalares, que realizam na instituição estágios em urgência e emergência durante um mês. Para esses pós-graduandos, o Hospital do Subúrbio oferece vagas nas seguintes especialidades: Cirurgia Geral, Pediatria, Anestesiologia, Ortopedia, Clínica Médica, Neurologia e Cirurgia Pediátrica. Entre aqueles que concluíram a residência em Ortopedia até o ano de 2016, tendo estagiado no HS, 92% passaram a integrar os quadros da instituição.